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Hackathon : en finir avec le publish or perish

Beaucoup relève un vrai problème dans le système de notation des articles publiés par des chercheurs. Critiqué par la communauté de recherche elle-même, personne n’a encore trouvé la solution miracle. Durant le hackathon santé de Bordeaux (21 au 23 octobre 2016), un médecin, une chercheuse et deux développeurs tentent de relever le challenge en développant le projet Pop. Focus.  

De gauche à droite : Guillaume, Gaëlle, Manuel et Frédéric au hackathon

Samedi 22 octobre 2016, premier jour du hackathon santé. Les groupes se sont constitués la veille, suite à une présentation rapide et dynamique des projets. En quelques minutes, s’est mis en place un véritable marché aux projets e-santé. Les porteurs de projet, juchés sur l’estrade de la salle de conférence, tentaient d’attirer le chaland : « Le projet #22 est par ici, on a encore besoin d’un développeur, n’hésitez pas à venir. » Au bout de quelques heures, certains, un peu déçus, n’ont pas trouvé de clientèle et ont dû se greffer à d’autres groupes. D’autres ont fusionné pour créer un outil hybride.  

« Bonjour, est-ce que je peux me joindre à vous ? » Gaëlle Raboyeau a travaillé en recherche sur la santé publique à l’Agence Régionale de Santé de Hauts-de-France. Elle n’est arrivée que le samedi matin et s’adresse aux membres du groupe Pop. La veille, Frédéric Hemery et Manuel Payet, deux développeurs, se sont greffés au projet de Guillaume Rollin, interne en médecine à Paris, et ont travaillé jusqu’à 2h du matin. L’interne en médecine souhaite créer un site internet pour simplifier et fiabiliser la recherche de publications scientifiques. « J’écris ma thèse en microbiologie en ce moment, je dois écrire des articles, et je me retrouve confronté à une masse d’informations bibliographiques. Lorsque tu fais une recherche sur PubMed - le site de recherche de publication scientifique – même en entrant de bons critères de recherche, tu n’arrives pas à descendre à moins de 1500 publications, après avoir lu les 1500 titres, tu tombes à 500 résumés à lire. Une fois que tu as fait le tri à partir des résumés, il en reste 150. » Il passe alors à l’étape de la lecture du corps de l’article. « Sur 150 article lus entièrement, tu t’aperçois qu’il n’y a que 20 à 30 qui valaient le coup. » Au final donc, beaucoup de temps perdu.

Lutter contre la désinformation et le découragement

Un temps s’allonge de plus en plus. La qualité des équipes de recherche étant évaluée sur leur nombre de publications, celles-ci sont de plus en plus nombreuses, et de moins bonne qualité. C’est le fameux phénomène du publish or perish, littéralement « publie ou meurt ». « En en lisant certaines publications, s’offusque le médecin, je me dis « mais ce n’est pas possible qu’on ait laissé passer une recherche comme ça ! » Recherche fragmentée, résultats non reproductibles, omission de certaines données, sélection de la publication sur la popularité et non pas sur la qualité, cohorte de cobayes pas assez conséquente… Frédéric Hemery, qui lui aussi se tient au courant des dernières recherches dans son secteur, résume assez bien le flou auquel est confronté l’internaute pendant sa recherche. « Il faut être capable de localiser le travail le plus pertinent pour aller à l’essentiel, mais il y a une quantité d’information tellement importante que ce n’est pas toujours possible. Il y a un risque de désinformation ou même juste d’un découragement. »

Commenter et noter les articles

Pour court-circuiter ce système bancale et injuste, l’équipe Pop veut créer un site internet important les données de PubMed qui permettra aux spécialistes de noter et de commenter les articles, en signalant la pertinence méthodologique et la nouveauté de la recherche. « Il faut laisser le jugement de l’intérêt de cette recherche aux lecteurs et pas seulement aux revues scientifiques », explique le médecin. N’importe qui ne pourra pas noter. « Ce seront des spécialistes de chaque domaine médical, sélectionnés parmi les universitaires, ayant déjà une publication à leur actif. Avec une possibilité de publier un commentaire anonyme, pour ne pas vous torpiller dans votre propre milieu. » Les lecteurs gagneront ainsi en efficacité dans leur recherche de publication.

Plusieurs questions restent à régler : comment modérer cette plateforme ? Comment distinguer les « trolls » des commentaires pertinents ? Quels critères de recherche avancer ? Quel business modèle proposer ? L’équipe a encore jusqu’à dimanche soir pour finaliser. Si cette plateforme voit le jour, elle sera adressée d’abord à la recherche médicale, puis à la recherche fondamentale. 

 

Crédits photo : Elsa Dorey